Las primeras noticias de la existencia del Ingenio de Engombe provienen de documentos fechados entre 1533 y 1536. Para este último año, la propiedad ya estaba en funcionamiento produciendo una buena cantidad de azúcar, contándose entre sus trabajadores 20 españoles y más de 120 esclavos africanos. Además de amplios terrenos cultivados de caña de azúcar y frutos diversos, éste incluía también varias haciendas dedicadas a la ganadería. Sus primeros propietarios fueron Esteban Justinián y Pedro Vázquez de Mella.

Según el cronista Gonzalo Fernández de Oviedo, para 1546 los sucesores habían enfrentado problemas para continuar con la producción y el ingenio fue cerrado debido a la escasez de agua y a la falta de canal o acequia para llevarla desde el río Haina hasta las instalaciones. Uno de los herederos, Juan Bautista Justinián, decidió más tarde hacerse cargo de la propiedad e instalar un trapiche movido por caballos cuya producción superó con creces la anterior.

La propiedad pasa en los años siguientes por diversos dueños siendo reconocido como uno de los más importantes del río Haina, hasta que en 1655 fue destruido por el ejército inglés durante la invasión de Penn y Venables. Más tarde, fue reconstruido a su estado original. Antes de concluir el siglo XVIII el Ingenio de Engombe fue adquirido por el regidor Andrés Angulo y Heredia. Para 1795 la producción había disminuido considerablemente y en consecuencia también la población de esclavos africanos era más escasa (20 hombres y 11 mujeres).

Es posible que durante la ocupación haitiana sus propietarios hayan sido afectados por la Ley de Bienes Nacionales de Haití de 1824 que regulaba el derecho a la tenencia de la tierra. Se reporta que para 1909 el ingenio había caído en ruinas, aunque sus haciendas siguieron utilizándose como fincas lecheras.

En 1932 las Ruinas de Engombe son declaradas Monumento Nacional a través de la Ley No. 293, del 13 de febrero. En 1946 la propiedad es adquirida por Héctor Bienvenido Trujillo, hermano del dictador. Ocurrido el terremoto del 4 de agosto de ese mismo año se registra el derrumbe de la galería superior de la vivienda principal. Habrían de transcurrir unos 17 años para que el antiguo ingenio despertara nuevamente el interés de las autoridades.

Las primeras obras de conservación de la vivienda principal y de la capilla son llevadas a cabo por el ingeniero José Ramón Báez López-Penha en el 1963. En el mes de octubre de ese año las Ruinas de Engombe, su casa principal e instalaciones vuelven a declararse monumento nacional mediante la Ley No. 492.

En el año 1964 la propiedad es donada por el Estado Dominicano a la Universidad Autónoma de Santo Domingo (UASD). Allí se funda la Finca Experimental de Engombe, dedicada a la producción agropecuaria como complemento a la labor académica de la Facultad de Ciencias Agronómicas y Veterinarias de dicha universidad. Luego de años de constantes invasiones de terreno, la UASD inicia en el 1989 la lotificación de una parte de Engombe próxima a las ruinas, la cual fue dividida en solares de aproximadamente 300 metros cuadrados que fueron vendidos a sus profesores y empleados. En consecuencia, las estructuras más importantes del ingenio quedaron rodeadas de viviendas y urbanizaciones.

Posteriormente y durante muchos años se intentó sin éxito recuperar por diversas vías las diferentes construcciones y rehabilitar el conjunto de Engombe hasta que se crea el Parque Mirador del Oeste mediante el Decreto 207-02 del 20 de marzo del 2002. Con este decreto, que integra las ruinas del antiguo ingenio a la conservación del entorno natural, se inicia un esfuerzo conjunto de los Ministerios de Cultura y Medio Ambiente para la recuperación del sitio.

La más reciente intervención de las estructuras del ingenio se inicia en el año 2009, en especial de la capilla de Santa Ana de Engombe, como parte de las obras de la puesta en valor del Parque Mirador del Oeste. El entorno natural fue además adecuado para la visita y la recreación con iluminación, mobiliario apropiado y senderos ecológicos. En la actualidad, las ruinas son visitadas por un gran número de personas particularmente los fines de semana y días feriados.