Después de la llegada de Cristóbal Colón en la isla de La Española en 1492 , Santo Domingo se convirtió en el sitio de la primera catedral, hospital, casa de aduanas y de la universidad de las Américas. Esta ciudad colonial fue presentado en el patrón de cuadrícula que se convirtió en el modelo para casi todos los planificadores de la ciudad en el Nuevo Mundo.

La primera impresión de los colonizadores españoles fue favorable: la naturaleza era exuberante; los aborígenes eran amables, y parecía que la tierra era rica en oro. Usando lo que quedaba de la Santa María, Colón construyó el fuerte de la Natividad (Navidad) en la costa norte de la isla, no lejos de un pico que él llamó Christi monte, dejando 39 hombres allí bajo la protección del jefe de aldea. Cuando Colón regresó a La Española, un año después, la fortaleza había sido destruida, sus hombres habían muerto, y los aborígenes se habían vuelto desconfiados. Fundó una nueva colonia más al este , a la que llamó Isabel, y lo dejó bajo el control de Bartolomé. Sin embargo, las primeras revueltas muy pronto para comenzarían.

En 1496, Bartolomé abandonó Isabela a fin de avanzar en la costa sur de la isla, donde se estableció el asentamiento de Nueva Isabela, ahora Santo Domingo, en la margen izquierda del río Ozama. Debido a las insurrecciones que siguieron alterar la isla, Colón fue sustituido como virrey y gobernador de la colonia de Nicolás de Ovando. En 1502 un tifón destruyó la ciudad y la flota que se preparaba para regresar a Castilla. Ovando decidió que la ciudad debe ser completamente reconstruido en su actual emplazamiento en el Ozama.

Esta ciudad colonial fue presentada en el patrón de cuadrícula que se convirtió en el modelo para casi todos los planificadores de la ciudad en el Nuevo Mundo . La ciudad iba a ser adornadoa con una catedral, un hospital, conventos, una fortaleza y una universidad. En ese momento no era apropiado para describir estos edificios como si hubiera sido construido en el estilo arquitectónico colonial, ya que se basan en los planes que siguieron fielmente los modelos importados de España. Los terremotos y los ataques piratas eran en su momento a devastar los principales edificios de la ciudad, como los conventos de la República Dominicana, franciscano y Las Mercedes, las tres órdenes religiosas que fueron pioneras en la evangelización del Nuevo Mundo, y el Hospital de Nicolás de Ovando.

Entre los edificios más destacados, la catedral fue construida entre 1514 y 1542; es la más antigua de América, y es una de las maravillas arquitectónicas de la ciudad colonial. La entrada principal se encuentra junto a la Plaza de Colón, donde se levanta una estatua gigante del mismísimo gran navegante. 

La Fortaleza Ozama y Torre del Homenaje se construyeron en 1503: este grupo de piedra se dice que es el puesto de avanzada militar formal más antigua aún en pie en Estados Unidos. La Torre del Homenaje sigue en pie en el centro de los jardines, una impresionante estructura arquitectónica que es medieval en estilo y diseño .